Houtskarin kaunis ja upealla paikalla sijaitseva kirkko on muodoltaan tasavartinen ristikirkko. Kirkko on puinen, punamullattu ja sitä kattaa aunattupaanukatto. Neitsyt Marialle omistettu kirkko rakennettiin vuosina 1703–1704 ja sen rakentamisesta vastasi pohjalainen Erik Nilsson. Istumapaikkoja kirkossa on 450.

Kirkko vastaa tyyliltään varhaisimpia lounaissuomalaisia puisia ristikirkkoja. Turunmaan saaristossa kirkonkylät ovat sijoittuneet suuremmille saarille merkittävien vesireittien varrelle. Kirkossa on vuodelta 1887 peräisin oleva alttaritaulu, jonka on maalannut tunnettu Victor Westerholm, jonka juuret ovat Nauvossa. Alttaritaulun nimi on Jeesus Getsemanessa ja kerrotaan myös, että taulun enkelillä on Westerholmin tulevan vaimon kasvot. Lisäksi kirkonpihan tuntumassa on tapuli, jonka alaosa on rakennettu vuonna 1753 ja yläosa vuonna 1871.

Museovirasto on määritellyt Houtskarin kirkkoympäristön, johon kirkon ohella kuuluvat muun muassa vuonna1874 rakennettu pappila ja vanha pitäjäntupa, valtakunnallisesti merkittäväksi rakennetuksi kulttuuriympäristöksi.

Houtskarin kotiseutumuseo toimii 1885 rakennetussa pitäjäntuvassa kirkon pihapiirissä. Museoon kuuluu lisäksi tuulimylly ja ranta-aitta.

Kesäkaudella 15.5-31.8. kirkko avoinna päivittäin klo 9-21. Muulloin tilaisuuksien aikana tai ryhmille sovitusti. Kyselyt kirkkoherrankansliaan puh. 0403 124 450. Kanslia avoinna tiistaisin klo 10-14.